传统的麦曲,**采用天然接种微生物的方式。小曲的接种在宋代以前,也不例外。但在<<北山酒经>>中则记载了一种人工接种的方式,即:"团成饼子,以旧曲末逐个为衣"。也就是说把新制成的曲团在陈曲粉末上滚动一下,陈曲末便粘在新曲团的表面,陈曲末中有大量的根霉孢子,可以在曲团上迅速繁殖,形成生长优势。由于可以人为地选择质量较好的陈曲作为曲种,这就可以择优汰劣。通过年复一年的人工选育,自然淘汰,质量优越的曲种(实际上是微生物菌种)就保留下来了。而天然接种的酒曲,酒曲中微生物的来源主要是水源,原料本身所带入,或者制曲场所及用具。性能优良的菌种无法代代相传,酒质也就无法恒定。
明清时期,小曲中加入种类繁多的**药,成为这一时期的特点。明代<< 天工开物>>中说:"其入诸般君臣与草药,少者数味,多者百味,则各土各法,亦不可殚述"。这种传统做法一直延续至现代。周恒刚先生在1964 年搜集的四川邛崃的药曲配方中,有一例,其配方中用药达72味,合计50多公斤,可配1460公斤的原料( <<糖化曲>>,1964年,中国财经出版社)。但小曲也有少加甚至不加药的。如明代的东阳酒曲中只加辣蓼。宁波白药也是如此。故明代以来,小曲向药小曲和无药小曲两个方向发展。